PdbManager
Tein keväällä 2007 teoreettisen fysiikan graduani varten PdbManager-nimisen
ohjelman proteiinikiteiden generoimiseen, datan käsittelyyn Octave/Matlab
-rajapinnan avulla sekä kiteiden visualisointiin Rasmol-rajapinnan avulla.
Ohjelmaa tehdessäni tulin samalla luoneeksi kätevän komentoriviympäristön (joka siis on osa ohjelmaani, mutta myös irrotettavissa muuhun sovellukseen), jossa voi käyttää yleisimpiä Unix/Linux-komentoja, määritellä neljän eri tyyppisiä muuttujia (String (merkkijono), StringVector (merkkijonoja tallennettuna esim. riveittäin vektoriin, kätevä esim. tekstitiedostoja käsiteltäessä.), PdbData (pdb-tiedostot tekstimuodossa), AtomicModel (pdb-tiedoston data numeerisesti laskuja ja muunnoksia varten). Lisäksi PdbManagerin käyttöliittymään kuuluu mm. oman kielisten komentotiedostojen ajaminen, komentorivihistoria, vanhojen komentojen etsiminen alkuosan perusteella (Unixista/Linuxista tuttu), useamman komennon kirjoittaminen komentoriville kerralla sekä osa (esim. muuttujien lataaminen ja tallentaminen tiedostoihin) on toteutettu myös valikkopohjaisen graafisen käyttöliittymän kautta.
Ehkä paras tapa esitellä toimivaa ohjelmaani on laittaa omaksi sivukseen ohjelmaa käyttäessäni kaappaamiani näkymiä, jotka löytyvät linkistä:
PdbManagerin esittely
PdbManagerin ominaisuuksia ovat mm.
PdbManager käyttää toteutuksessaan hyödyksi jo mainitsemaani wxWidgets-kirjastoa, jonka kotisivut löytyvät osoitteesta www.wxWidgets.org .
Tarkoitukseni on (nyt hieman taukoa pidettyäni) jatkaa PdbManager-projektiani ja julkaista aina uusimmat kehitysversiot tällä sivustolla. En ole vielä toistaiseksi tehnyt mitään virallista käyttäjäopasta ohjelmaan, mutta asentamis- ja kääntämisohjeet, runsas valikoima hyvinkommentoituja komentotiedostoja, gradussani oleva kappale 6 ja PdbManagerin selkeä help-komento auttavat kaikkia PdbManagerista kiinnostuneita alkuun. Ohjelman käyttämiin resurssitiedostoihin (ja samalla ohjelman käyttämään opastus, virheentulostus ja ohjelman ominaisuuksienasettamismenetelmiin) voit tutustua katsomalla tiedostoja:
MANUAL.txt (Ohjelman tulostamat opastustulostukset)
ERR_MSGS.txt (Ohjelman tulostamat virheilmoitukset)
ENVIRONMENT.txt (Ohjelman ominaisuuksien muokkaaminen ilman että ohjelmaa tarvitsee kääntääuudelleen)
Lisäksi tarjoudun itse auttamaan sähköpostin välityksellä ohjelmastani kiinnostuneista. Voit kirjoittaa minulle osoitteeseen talaakso@gmail.com .
Tässä nyt alkuun lyhyet PdbManagerin asennusohjeet Linux-ympäristöön:
Lataa wxWidgetsin uusin versio osoitteesta www.wxWidgets.org ja asenna se tiedostoon wxWidgets_asennus.txt kirjoittamieni ohjeiden mukaan. Ohjeet ovat viitteelliset ja jos tietää mitä tekee niin voi käyttää myös muita optioita wxWidgetsin asentamisessa.
Kun wxWidgets on asennettu koneellesi on PdbManagerin asentaminen/käynnistäminen helppoa
1. Lataa uusimman version paketti pdbmanager_v101.tar.gz (testattu wxWidgetsin versiolla 2.8.7) tai vanhemman version paketti pdbmanager_v10.tar.gz (testattu wxWidgetsin versiolla 2.8.0). koneellesi valitsemaasi hakemistoon.
2. Mene Linux-komentotulkillasi hakemistoon, johon latasit paketin pdbmanager_v10.tar.gz, ja pura paketti esim. komennolla:
tar -xzvf pdbmanager_v10.tar.gz
3. cd pdbmanager_v10
4. make -f pdbmanager.mkf
5. Muuta, jollakin tekstieditorilla tiedostoon ENVIRONMENT.txt riveillä PROGRAM_SAVE_DIRECTORY = '/home/talaakso/programming/cpp/numeric/pdb/PdbManagerWXR26/wd/'
ja
PROGRAM_DEFAULT_DIRECTORY = '/home/talaakso/programming/cpp/numeric/pdb/PdbManagerWXR26/wd/'
olevat polut niin, että ne osoittavat haluamaasi työskentely hakemistoon (siis tavallisessa tapauksessa hakemistoon, johon asensit PdbManager-ohjelman). Sinulla täytyy olla luku/kirjoitus -oikeudet tähän hakemistoon.
6. Käynnistä PdbManager komennolla ./pdbmanager.exe
7. Alkuun ohjelman käyttämisessä pääset help-komennolla (esim. kirjoittamalla help näet kaikkien komentojen nimet, komennolla help command str, näet komennon str ohjeet, jne...) ja lukemalla ohjelman hakemistosta löytyviä kommentoituja komentotiedostoja (tunnisteet .cmd). Ja niin kuin kirjoitin voit toki ottaa minuun yhteyttä kirjoittamalla osoitteeseen talaakso@gmail.com .
Ohjelmaa tehdessäni tulin samalla luoneeksi kätevän komentoriviympäristön (joka siis on osa ohjelmaani, mutta myös irrotettavissa muuhun sovellukseen), jossa voi käyttää yleisimpiä Unix/Linux-komentoja, määritellä neljän eri tyyppisiä muuttujia (String (merkkijono), StringVector (merkkijonoja tallennettuna esim. riveittäin vektoriin, kätevä esim. tekstitiedostoja käsiteltäessä.), PdbData (pdb-tiedostot tekstimuodossa), AtomicModel (pdb-tiedoston data numeerisesti laskuja ja muunnoksia varten). Lisäksi PdbManagerin käyttöliittymään kuuluu mm. oman kielisten komentotiedostojen ajaminen, komentorivihistoria, vanhojen komentojen etsiminen alkuosan perusteella (Unixista/Linuxista tuttu), useamman komennon kirjoittaminen komentoriville kerralla sekä osa (esim. muuttujien lataaminen ja tallentaminen tiedostoihin) on toteutettu myös valikkopohjaisen graafisen käyttöliittymän kautta.
Ehkä paras tapa esitellä toimivaa ohjelmaani on laittaa omaksi sivukseen ohjelmaa käyttäessäni kaappaamiani näkymiä, jotka löytyvät linkistä:
PdbManagerin ominaisuuksia ovat mm.
- Luoda ja tallentaa pieniä proteiinikiteitä atomikoordinaatteina pdb- ja xyz-tiedostomuodoissa.
- Visualisoida proteiinikiteitä (tai muita kiteitä) suoraan PdbManagerista käskyttämällä Rasmolia.
-
PdbManageria käytetään interaktiivisessa komentorivipohjaisessa istunnossa,
jossa voi:
- Määritellä ja muokata neljän tyyppisiä muuttujia: String (merkkijono), StringVector (vektori jonka alkiot ovat merkkijonoja), PdbData (pdb-tiedostojen sisältö tekstimuodossa) ja AtomicModel (pdb- tai xyz-tiedoston yhden modelin sisältö numeerisia muunnoksia ja laskuja varten). Muuttujia voi tallentaa ja ladata kesken istunnon.
- PdbManagerilla on oma ja jo varsin laaja n. 70 komentoa käsittävä komentokielensä, johon sisältyvät yleisimmät Unix/Linux-komentotulkkien komennnot tiedostojen käsittelemiseksi (esim. cat, cp, find, mkdir, ls, ...), paljon omia komentoja omien muuttujien muuttamiseksi ja käyttämiseksi esim. kiteitä luotaessa tai intensiteetti ja p(r)-funktio laskuissa.
- PdbManager tukee hyvin moniajoa (multi-tasking), sillä PdbManager istunnossa voi avata ja käskyttää ulkoisina prosesseina (ja samanaikaisesti) Rasmol, Matlab/Octave ja Emacs -ohjelemia.
- Vaikka useissa tapauksissa tehokkain tapa käyttää PdbManageria on tehokas komentotiedostojen ajo ja komentorivin käyttö yhdistelmä, niin olen tehnyt osan toiminnoista myös GUI pohjaisina toteutuksina. Esim. Omien istuntomuuttujien tallentaminen ja lataaminen istuntoon on jopa kätevämpi GUI:ta apuna käytettäessä kuin komentoriviltä.
- Komentorivityöskentelyä helpottamaan olen toteuttanut PdbManageriin seuraavat toiminnot: komentotiedostojen ajaminen, komentohistoria, vanhojen komentojen etsiminen alkuosan perusteella (tuttu Linuxista/Unixista).
PdbManager käyttää toteutuksessaan hyödyksi jo mainitsemaani wxWidgets-kirjastoa, jonka kotisivut löytyvät osoitteesta www.wxWidgets.org .
Tarkoitukseni on (nyt hieman taukoa pidettyäni) jatkaa PdbManager-projektiani ja julkaista aina uusimmat kehitysversiot tällä sivustolla. En ole vielä toistaiseksi tehnyt mitään virallista käyttäjäopasta ohjelmaan, mutta asentamis- ja kääntämisohjeet, runsas valikoima hyvinkommentoituja komentotiedostoja, gradussani oleva kappale 6 ja PdbManagerin selkeä help-komento auttavat kaikkia PdbManagerista kiinnostuneita alkuun. Ohjelman käyttämiin resurssitiedostoihin (ja samalla ohjelman käyttämään opastus, virheentulostus ja ohjelman ominaisuuksienasettamismenetelmiin) voit tutustua katsomalla tiedostoja:
MANUAL.txt (Ohjelman tulostamat opastustulostukset)
ERR_MSGS.txt (Ohjelman tulostamat virheilmoitukset)
ENVIRONMENT.txt (Ohjelman ominaisuuksien muokkaaminen ilman että ohjelmaa tarvitsee kääntääuudelleen)
Lisäksi tarjoudun itse auttamaan sähköpostin välityksellä ohjelmastani kiinnostuneista. Voit kirjoittaa minulle osoitteeseen talaakso@gmail.com .
Tässä nyt alkuun lyhyet PdbManagerin asennusohjeet Linux-ympäristöön:
Lataa wxWidgetsin uusin versio osoitteesta www.wxWidgets.org ja asenna se tiedostoon wxWidgets_asennus.txt kirjoittamieni ohjeiden mukaan. Ohjeet ovat viitteelliset ja jos tietää mitä tekee niin voi käyttää myös muita optioita wxWidgetsin asentamisessa.
Kun wxWidgets on asennettu koneellesi on PdbManagerin asentaminen/käynnistäminen helppoa
1. Lataa uusimman version paketti pdbmanager_v101.tar.gz (testattu wxWidgetsin versiolla 2.8.7) tai vanhemman version paketti pdbmanager_v10.tar.gz (testattu wxWidgetsin versiolla 2.8.0). koneellesi valitsemaasi hakemistoon.
2. Mene Linux-komentotulkillasi hakemistoon, johon latasit paketin pdbmanager_v10.tar.gz, ja pura paketti esim. komennolla:
tar -xzvf pdbmanager_v10.tar.gz
3. cd pdbmanager_v10
4. make -f pdbmanager.mkf
5. Muuta, jollakin tekstieditorilla tiedostoon ENVIRONMENT.txt riveillä PROGRAM_SAVE_DIRECTORY = '/home/talaakso/programming/cpp/numeric/pdb/PdbManagerWXR26/wd/'
ja
PROGRAM_DEFAULT_DIRECTORY = '/home/talaakso/programming/cpp/numeric/pdb/PdbManagerWXR26/wd/'
olevat polut niin, että ne osoittavat haluamaasi työskentely hakemistoon (siis tavallisessa tapauksessa hakemistoon, johon asensit PdbManager-ohjelman). Sinulla täytyy olla luku/kirjoitus -oikeudet tähän hakemistoon.
6. Käynnistä PdbManager komennolla ./pdbmanager.exe
7. Alkuun ohjelman käyttämisessä pääset help-komennolla (esim. kirjoittamalla help näet kaikkien komentojen nimet, komennolla help command str, näet komennon str ohjeet, jne...) ja lukemalla ohjelman hakemistosta löytyviä kommentoituja komentotiedostoja (tunnisteet .cmd). Ja niin kuin kirjoitin voit toki ottaa minuun yhteyttä kirjoittamalla osoitteeseen talaakso@gmail.com .
| Syyskuu - 2010 | ||||||
| Ma | Ti | Ke | To | Pe | La | Su |
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | ||
| 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 |
| 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 |
| 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 |
| 27 | 28 | 29 | 30 | |||
Tämä sivu on päivitetty
5. kesäkuuta 2010.
5. kesäkuuta 2010.
